年末調整は、次のような流れで行います。
１．本年分の給与総額の計算
まず、年末調整のときまでに支給した給与の総額を個人ごとに計算します。
２．給与所得控除後の給与金額の計算
その求めた給与の金額から、給与所得控除後の給与金額を求めます。
３．各種保険料の控除額の計算
「給与所得者の保険料控除申告書」に基づいて、各種保険料控除額を計算します。
４．扶養控除等の控除額の計算
「扶養控除等申告書」に基いて、扶養控除等の控除額を計算します。
５．配偶者特別控除額の計算
「給与所得者の配偶者特別控除申告書」に基づいて、配偶者特別控除額を計算します。
６．課税給与所得金額の計算
２．で求めた給与所得控除後の給与の金額から
３．で求めた各種保険料控除額、４．で求めた扶養控除等の控除額の合計額、５．で求めた配偶者特別控除額を控除し、
課税給与所得金額を求めます。
７．「算出年税額」と「年調年税額」の計算
６．で求めた課税給与所得金額を「年末調整のための所得税額の速算表」にあてはめて、「算出年税額」を求めます。
住宅借入金等特別控除の適用を受ける人は、
上記で求めた算出年税額から、住宅借入金等特別控除額を控除して「年調年税額」を求めます。
住宅借入金等特別控除額がない人は、算出年税額が年調年税額になります。
年調年税額は、１００円未満を切捨てします。
８．過不足額の計算
７で求めた年調年税額と本人の給料や賞与から控除した源泉所得税の合計額とを比べ、過不足額の精算をします。
源泉所得税の合計額が年調年税額より多ければ、差額は本人に還付され、
少なければ不足額を本人から徴収することになります。